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| | |-+  지난번 과제 모범답안이 있다면 좋을 것 같습니다.
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Author Topic: 지난번 과제 모범답안이 있다면 좋을 것 같습니다.  (Read 2781 times)
김소영
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지난번 과제 모범답안이 있다면 좋을 것 같습니다.
« on: October 23, 2011, 08:31:06 PM »

실습과 수업 재미있게 듣고 있습니다.
그런데 지난번 4주차 과제가 특히 어려웠던 바, 모범답안이 있다면 도움이 될 것 같습니다.
지난번에 교수님께서 내셨던 추가문제(BO approx 비유 찾기)에 대해 좋은 학생답안을 올려주셨던 것처럼요..^^;
가능할까요?
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chaok
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Re: 지난번 과제 모범답안이 있다면 좋을 것 같습니다.
« Reply #1 on: October 24, 2011, 09:50:58 AM »

한 번 찾아 보겠습니다.
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chaok
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Re: 지난번 과제 모범답안이 있다면 좋을 것 같습니다.
« Reply #2 on: October 24, 2011, 01:03:52 PM »

5번 문제를 제외하고는 정답이 특별히 없는 문제인데요,
조교와 상의해서 학생 답변 예시를 올리도록 하겠습니다.
5번 문제 답안은 첨부합니다.

* Answer-week5-5ab.png (108.31 KB - downloaded 63 times.)
* Answer-week5-5c.png (54.88 KB - downloaded 59 times.)
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elanvital
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Re: Week4 - 숙제 1~4번 문제 답안 예시입니다.
« Reply #3 on: October 25, 2011, 12:04:51 PM »

간단히 답변합니다. 이대로 채점하는 것은 아닙니다만 숙제 문제 출제 당시 간단히 생각했던 부분 위주로 적습니다.

1. (a) 그래프 그리시면 됩니다. A-DNA RMSD 변화 양상으로부터 A-> B transition을 기술하는 것은 불가능합니다. A-DNA와의 RMSD가 큰 결과 구조가 B-DNA인지 확신할 수 없기 때문입니다.
(b) 적절히 논의하시면 됩니다. 다만 실습시간에 수행한 분석만으로는 A->B transition에 대하여 기술할 수 있는 부분이 거의 없습니다. 따라서 우선 결과 구조가 B-DNA인지 확인할 필요가 있습니다.
가장 먼저 생각할 수 있는 방법은 시뮬레이션 이후의 구조를 직접 눈으로 보는 방법입니다. 그러나 이는 수치적으로 명확히 나타낼 수 없습니다. 그러므로 수치적으로 명확히 표현할 수 있는 방법이 필요합니다.
그 다음으로 여러가지 생각할 수 있을 것입니다만 간단한 예시 몇 가지만 든다면 Ideal B-DNA (또는 energy minimized 또는 equilibrated by 100ps MD simulation 등)의 구조로 부터의 RMSD, DNA width (distances between phosphates, etc.), sugar pucker 등 여러 가지를 생각해 볼 수 있겠습니다. (이 외에도 무엇이든 A-DNA와 B-DNA의 구조적 차이를 기술할 수 있는 지표라면 괜찮음).
문제는 transition 과정에 대한 부분인데 energy fluctuation이 크고 매우 빠르게 transition이 일어나며 또한 A->B->A->B transition이 관찰되므로 trajectory만으로는 명확히 이야기 하기 어렵습니다. 더 자세한 부분은 3번에서 생각해보도록 하였으므로 생략합니다.

2. (a) 결과값을 정리하여 제출하면 됩니다. 표로 전체를 정리해도 좋고 평균값, terminal 부분을 제외한 평균값 등으로 정리해도 좋습니다. 또한, 문제에 주어진 부분 이외에 초기 A-DNA-like conformation들의 평균, 후기 B-DNA-like conformation들의 평균 구조들을 분석한 값을 사용하여 다음 논의에 이용할 수 있습니다. (단 논의에 이용할 경우 결과가 반드시 첨부되어 있어야 할 것)
(b) 위에서 언급한 지표에 대한 부분입니다. 총 18가지의 지표들 중 어떤 것이 더 적절한지에 대하여 이야기 하는 부분입니다. Transition과정에서 중간 구조들은 매우 복잡한 parameter 값을 가집니다. 따라서 실험값을 기준으로 가장 명확히 구분할 수 있는 지표들을 먼저 후보로 생각하고 이를 바탕으로 논의하면 됩니다.

3. (a) trajectory를 모두 뽑아내어 그 구조를 기술하는 지표들에 대하여 분석을 다 한다면 좋겠지만 현실적인 어려움이 있으므로 위의 문제의 논의를 바탕으로 적절한 지표를 고르시면 됩니다. (사실상 transition state conformation을 발견하기는 어려움이 따릅니다.) B-DNA는 곧은 편이고 A-DNA는 구부러져 있으므로 Base pair plane을 바탕으로 수직 방향으로 얼마나 휘었는가라는 지표를 사용할 수도 있고 (linearity) x-displacement, inclination 등을 사용할 수도 있겠습니다.
(b) 1(a) 의 energy plot으로부터는 어느 쪽이 더 안정한지 확신하기 어렵습니다. 게다가 transition 과정에서 에너지가 올라가는지 내려가는지도 불확실합니다. 그래서 알 수 없다가 가장 먼저 할 수 있는 대답입니다. 특별한 이유 없이 B-DNA가 안정하다거나 transition에는 barrier가 반드시 존재하므로라던가 하는 대답은 설득력이 약합니다 (downhill process에 대한 가능성). 적절한 근거를 보여주며 reaction coordinate에 대한 energy 변화 개형을 그려주셔야 합니다.
(c) 더 좋은 sampling 방법이 필요하며 이를 바탕으로 정확한 potential energy surface 혹은 PMF를 그릴 수 있는 방법을 사용한다는 대답으로부터 확장 가능합니다. 그 외에도 열린 답변을 요구하므로 앞의 논의로부터 이끌어 낼 수 있는 논리적 대답이면 됩니다.

4. 적절히 논의하시면 됩니다.


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김소영
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감사합니다.
« Reply #4 on: October 26, 2011, 11:01:00 AM »

친절하고 신속한 답변들 감사합니다. ^^
많은 도움이 되었습니다.
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